Der Dreistachlige Stichling erreicht eine Gesamtlänge von bis zu elf Zentimeter,[1] wobei die Maximalgröße eher von den im Salzwasser lebenden Exemplaren erreicht wird. Der Körper ist im Vergleich zu den Vertretern anderer Stichlingsgattungen verhältnismäßig hochrückig. Dabei ist die relative Körperhöhe abhängig vom bewohnten Habitat, Salzwasserpopulationen und Bewohner großer Binnenseen bleiben gewöhnlich schlanker als Stichlinge aus Fließgewässern.
Weibliche und juvenile Tiere sowie nicht fortpflanzungsbereite Männchen tragen meist eine schlichte schwarzbraune Marmorierung auf hellem, silbrigen Grund. Der Rücken ist dabei dunkler gefärbt als die Bauchseite. Bei Salzwasserpopulationen ist der Silberglanz besonders ausgeprägt. Grundsätzlich variiert die Farbgebung in Abhängigkeit vom Lebensraum, es sind auch messinggelbe und vollkommen schwarze Populationen bekannt. Während der Laichzeit tragen adulte Männchen ein farbenfrohes Brutkleid: Die Marmorierung weicht zurück und die Bauchseite färbt sich von der Schnauzenspitze bis zum Schwanzstiel intensiv orangerot. Der Rücken und die Iris der Augen nehmen ein helles Türkis an.
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